Walencja, w której Vives spędził pierwsze 17 lat swojego życia, była najbogatszą metropolią w Koronie Aragonii (królestwo Aragonii obejmowało Aragonię, Katalonię i Walencję). Większość walenckich Żydów wolała zostać chrześcijanami niż udać się na wygnanie po dekrecie o wypędzeniu z 1492 roku. W swoich pracach Vives wyraża miłe wspomnienie o Walencji, o jej "radosnych, optymistycznych, sympatycznych..." mieszkańcach oraz o jej płodności i pięknie. Ze szczególnym uczuciem wspomina harmonię domu ojca i wzorowe cnoty matki, co skończyło się irytacją Erazma, któremu brakowało szczególnego przywiązania do rodziców.
W 1964 roku Miguel de la Pinta, specjalista od historii inkwizycji, i José Mª Palacio, archiwista z Walencji, opublikowali pod tytułem "Procesos inquisitoriales contra la familia judía de Luis Vives" (C.S.I.C.) Madrid, niektóre dokumenty, które dowodzą, bez żadnych wątpliwości, że żydowska rodzina Luisa Vivesa:
Juan Luis Vives był Żydem, zarówno po ojcu (jego ojciec, Luis Vives Valeriola) jak i po matce (jego matka, Blanquina March y Almenara).
Jego matka została chrześcijanką w 1491 roku, na rok przed dekretem o wypędzeniu. Zmarła w czasie zarazy w 1509 roku, w małej wiosce na południe od Walencji.
Jego ojciec, prawdopodobnie syn żydowskich konwertytów, w wieku 17 lat popadł w kłopoty z walencką inkwizycją. Dłuższy proces odbył się w latach 1522-1524 i zakończył się fatalnym wyrokiem: "oddano go w ręce świeckie", co jest ponurym określeniem oznaczającym, że został stracony, prawdopodobnie spalony na stosie.
W 1525 roku siostry Juana Luisa (Beatriz, Leonor i Ana) odzyskały w procesie sądowym majątek swoich rodziców, skonfiskowany przez inkwizycję.
W 1528 roku, prawie 20 lat po śmierci matki, otwarto nowy proces, który miał wyjaśnić jej postępowanie po nawróceniu. Z zeznań wynikało, że odwiedziła synagogę jako chrześcijanka, a jej szczątki zostały w konsekwencji usunięte z chrześcijańskiego cmentarza i publicznie spalone. Siostry Vives zostały wówczas pozbawione prawa do dziedziczenia majątku ojcowskiego i matczynego.
Pozostając w Hiszpanii po dekrecie z 1492 roku, jego rodzice dali Juanowi Luisowi jedyną możliwą przynależność religijną, aby mógł w przyszłości żyć w społeczeństwie chrześcijańskim. W 1508 roku Vives wstąpił do Estudi General w Walencji, ośrodka założonego w 1500 roku przez hiszpańskiego papieża Aleksandra VI. W 1505 r. "Introductiones latinae", przez Antonio de Nebrija, jedynego hiszpańskiego uczonego, którego Vives zawsze polecał i podziwiał (kiedy Nebrija upublicznił swój zamiar wydrukowania gramatyki Biblii, inkwizytor generalny Fray Diego de Deza wszczął, w 1504 roku, proces przeciwko niemu. W 1507 roku ukazała się "Apologia" Nebrija, jeden z najważniejszych dokumentów hiszpańskiego humanizmu).
W 1509 roku Vives zamienił Walencję na Paryż, gdzie przebywał przez trzy lata. Uniwersytet Paryski narodził się jako korporacja mistrzów pod kierunkiem kanclerza Notre Dame. Mniej więcej w czasie przybycia Vivesa do Paryża, Erazm złożył ostatnią wizytę na Uniwersytecie i opublikował swoje "In Praise of Madness".
Choć paryski uniwersytet był wówczas w zaniku, Vives żył w jednym z najważniejszych ośrodków - Kolegium Monteagudo - zajmujących się reformą moralną i religijną we Francji. W 1483 roku Jean Standonck przejął Monteagudo, wnosząc do niego religijną żarliwość Braci Wspólnego Życia (którzy pracowali, zwłaszcza kopiując teksty chrześcijańskie, bez ślubów, odmawiając żebrania o ich utrzymanie) - założonych przez Geerta Groote (1340/1384), Holendra, który głosił - na polecenie swojego biskupa - nawrócenie i zbawienie dusz oraz potępienie luksusu, lichwy i symonii, nauki zgodne z doktryną Kościoła katolickiego. Propagował również tłumaczenie Biblii na język wernakularny dla dobra wszystkich. Kolegium Monteagudo liczyło wśród swoich studentów takich ludzi jak Ignacy z Loyoli, Erazm, Rabelais i Kalwin.
W Paryżu Vives realizował program Wydziału Sztuk Pięknych (siedem sztuk wyzwolonych z trivium y quadrivium). Ponieważ jednak już w Walencji studiował gramatykę i retorykę, trzy lata spędzone w Paryżu poświęcił głównie na naukę filozofii (długi kurs logiki, skrócony kurs fizyki oraz rudymenty filozofii moralnej i metafizyki).
W 1512 r. obrał kierunek na Niderlandy, mieszkając od tego roku w Brugii. W mieście Brugia mieszkała duża kolonia hiszpańskich Żydów, w tym rodzina Valdaura z Walencji. Posiadłość Valdaura była pierwszym schronieniem Vivesa w Brugii.
Tam pracował jako korepetytor dzieci małżeństwa, wśród których była Marguerite, przyszła żona Vivesa. W Brugii zaprzyjaźnił się z Francisco Craneveltem, prokuratorem miejskim, pobożnym chrześcijaninem o dobrym guście literackim i doktoracie z prawa na Uniwersytecie w Louvain.
Pierwsza książka Vivesa, Christi Iesu Triumphus (1514) to rozmowa o triumfie Chrystusa w dniu jego Zmartwychwstania oraz atak przeciwko wywyższaniu i gloryfikacji wojen i cezarystycznego heroizmu; jedna z postaci w tej sztuce mówi, że Chrystus stoczył pięć wojen: z demonami, ze światem, z ciałem, z Żydami i ze śmiercią. Druga część tej pracy, zatytułowana. Virginis Dei Parentis Oratiostosuje do Maryi centralne przesłanie książki: prawdziwe bohaterstwo polega na walce i pokonywaniu grzechu i zła.
Latem 1516 roku Vives i Erazm spotkali się po raz pierwszy w Brugii. W marcu tegoż roku Erazm zadedykował Leonowi X swoje Adnotacje do Nowego Testamentu, a w maju swoje Institutio Principis Christiani. W grudniu Thomas More opublikował swój Utopia.
W 1517 roku, być może z polecenia Erazma, Wilhelm De Croy - bliski przyjaciel Erazma - wybrał Vivesa na swojego prywatnego preceptora. Wilhelm, choć miał 19 lat, był już biskupem Cambray, kardynałem i arcybiskupem-elektem Toledo, który miał być następcą Cisnerosa. W towarzystwie swojego ucznia Vives przeniósł się z Brugii do Louvain, gdzie istniało trójjęzyczne kolegium do nauki greki, łaciny i hebrajskiego. Wśród kręgu Vivesa w Louvain był hiszpański Żyd Mateo Adriano, jeden z najlepszych hebraistów tamtych czasów.
Wydział w Louvain dzielił się na konserwatywnych teologów i humanistów, przy czym ci ostatni byli bardziej otwarci. Chociaż sympatie Vivesa były po stronie humanistów, to starał się on trzymać z dala od osobistej rywalizacji i moderować stanowisko teologów.
W ciągu czterech lat (1517/1521, rok śmierci ucznia) preceptury De Croy'a zaczęły kształtować się osobiste idee Vivesa. W tym czasie Vives napisał cztery dzieła o treści religijnej (Meditationes in septem Psalmos Poenitentiales, Genethiacon Iesu Christi, De tempore quo, id est, de pace in qua natus est Christus, Clypei Christi Descriptio), w którym wyraża rodzaj pobożności, która - podobnie jak u jego bliskich przyjaciół - czerpała ze źródeł Devotio Moderna i pism Erazma. Przesłanie tych dzieł Vivesa było jasne i ortodoksyjne: losami chrześcijaństwa kieruje opatrzność, nie wolno oddzielać tego, co nadprzyrodzone, od płaszczyzny natury i historii; Vives podąża - w dwóch ostatnich cytowanych dziełach - za augustiańską koncepcją historii jako syntezy między wolnymi decyzjami ludzkimi a boską opatrznością. Obfituje też w pochwałę pokoju, charakterystyczną dla kręgu erazmiańskiego.
W 1519 roku Erazm stwierdził, że Vives jako rodowity Hiszpan mówi po kastylijsku, a mieszkając przez długi czas w Paryżu, dobrze zna francuski. On lepiej rozumie nasz język niż nim mówi. Vives znał na tyle grekę, że używał jej w prywatnej korespondencji jako podstępu dla odważnej krytyki. We wstępie do pracy Vivesa Declamationes SyllanaeJak mówi Erazm: Podczas gdy inni krzyczą, Vives deklamuje z wyjątkową mądrością i spokojem... Nie znam nikogo z tych czasów porównywalnego z Vivesem... i wreszcie nie znam nikogo, u kogo potok elokwencji byłby tak wsparty wielką wiedzą filozoficzną.
Ostatni okres życia Vivesa przyniósł ze sobą silne ożywienie jego religijnej żarliwości. Jego pierwszym zajęciem po wyjeździe z Anglii było napisanie, na prośbę kościelnego św. Donacjana i z okazji zarazy, która nawiedziła Brugię w 1529 r., modlitwy do potu krwi Chrystusa w Getsemani (Sacrum Diurnum de sudore Domini Nostri Iesu Christi). W 1535 roku napisał zbiór modlitw pt. Excitationes animi in Deumw którym zawarte są zasady medytacji, modlitwy codzienne, modlitwy na wszystkie okazje oraz komentarz do modlitwy niedzielnej.
Innym arcydziełem Vivesa jest encyklopedyczny traktat De Disciplinis (1531), który zdaniem Ortegi y Gasseta jest nie tylko rewolucyjnym programem edukacji, ale także pierwszą refleksją człowieka Zachodu nad jego kulturą i ambitną medytacją nad celami, zepsuciem i reformą całej ludzkiej kultury.
Trzeci wielki traktat Vivesa został wydrukowany dwa lata przed jego śmiercią, De anima et vita, którym zainaugurował naukę o człowieku opartą na obserwacji i refleksji. Za tę książkę Lange nazywa Vivesa ojcem współczesnej psychologii.
W 1538 roku Vives opublikował swoje Lingua Latinae Exercitatio, błyskotliwy zbiór dialogów napisanych z podstawowym tekstem słownictwa i gramatyki łacińskiej, dedykowany Filipowi, synowi cesarza Karola. O tej książce Azorín powiedział: "Nie ma chyba w naszej literaturze książki bardziej intymnej i przyjemnej. Otwórz ją; zobacz, jak w serii małych obrazków mija mała i prozaiczna egzystencja ludzi.
W ostatnich dwóch latach życia (1538/1540) Vives poświęcił się pisaniu obszernego dzieła apologetycznego, które zamierzał ofiarować papieżowi. Choć nie dokończył książki, po jego śmierci i na prośbę wdowy, jego przyjaciel Cranevelt wydał ją w styczniu 1543 roku i zadedykował Pawłowi III. Ta książka, De Veritate Fidei Christianae, jest najlepszym dokumentem, aby docenić, jak Vives kontemplował życie chrześcijańskie w swoich ostatnich latach.
Przepracowanie nie raz doprowadziło Vivesa do skraju wyczerpania. Od czterdziestki cierpiał na złośliwy przypadek zapalenia stawów, który niemal go paraliżował. 6 maja 1540 roku Juan Luis Vives zmarł w Brugii, prawdopodobnie na kamień żółciowy. Został pochowany pod ołtarzem św. Józefa w nieistniejącym już kościele św. Donacjana. Jego młoda żona towarzyszyła mu dwanaście lat później.
Niektóre dzieła Vivesa, który zawsze pisał po łacinie:
- Christi Iesu Triumphus, Paryż, 1514 r.
- Adversus pseudodialecticos, Leuven, 1520.
- Preces et Meditationes genenerales, Leuven, 1520.
- Declamationes quinque Syllanae, Leuven, 1520.
- Commentaria in XXII libri De Civitate Dei Divini Aurelii Augustini, Louvain, 1521.
- Introductio ad Sapientiam, Leuven, 1524.
- De Institutione feminae christianae, Antwerpia, 1524.
- De causas corruptarum artium, Antwerpia, 1531.
- De tradentis disciplinis, 1531.
- De disciplinis libri XX, Antwerpia, 1531.
- De officio mariti, Bazylea, 1538.
- Exercitatio linguae latinae, Bazylea, 1538.
- De Anima et Vita, Bazylea, 1538.
- De Aristoteles operibus censura, 1538.
- Satellitium animae sive Symbola, Frankfurt, 1540.
- De Veritate Fidei Christianae, Brugia, 1543.
