Tradycyjnie studia teologiczne w Niemczech prowadzone są na uniwersytetach państwowych, choć istnieją wyjątki, takie jak kolegia filozoficzne i teologiczne różnych zakonów - najbardziej znanym jest kolegium jezuickie w Sankt Georgen koło Frankfurtu - oraz niektóre kolegia biskupie.
Najnowszą z nich jest Kolońska Szkoła Teologii Katolickiej (KHKT), następczyni Wydziału Teologicznego Towarzystwa Słowa Bożego. Są one uznawane przez państwo.
Podczas studiów przyszli księża mogą mieszkać we wspólnocie ("Konvikt"), ale pozostają w seminarium dopiero po ukończeniu studiów.
System ten ma tę zaletę, że teologia łączy się z innymi dyscyplinami nauczanymi i badanymi na uniwersytecie. Ma jednak również swoją negatywną stronę z powodu napięcia między wolnością badań i profesury z jednej strony, a podporządkowaniem się doktrynie wiary z drugiej.
Mianowanie profesorów teologii na uniwersytetach państwowych wymaga zgody Kościoła, zgodnie z postanowieniami konkordatów. Konkretnie oznacza to, że Ministerstwo Nauki kraju związkowego konsultuje się z odpowiednim biskupem diecezjalnym, jeśli ma jakiekolwiek zastrzeżenia co do nauczania lub stylu życia konkretnego kandydata lub jeśli nic nie stoi na przeszkodzie jego nominacji ("nihil obstat").
Zgodnie z wytycznymi watykańskiej Kongregacji Edukacji Katolickiej (obecnie "Dykasteria ds. Kultury i Edukacji") z dnia 25 marca 2010 r., biskup diecezjalny musi najpierw wystąpić o "rzymskie nihil obstat": złożyć wniosek do wyżej wymienionej dykasterii, która rozpatruje go w ramach procedury "międzydykasterialnej", z udziałem innych dykasterii watykańskich, w szczególności Doktryny Wiary.
Jednak w ostatnich dziesięcioleciach na wydziałach teologicznych "wolność badań" wydaje się przeważać nad posłuszeństwem lub lojalnością wobec Magisterium. Ma to konkretne konsekwencje, na przykład w niemieckiej "drodze synodalnej".
Jeden z jego głównych przedstawicieli, Thomas Söding, wiceprzewodniczący Centralnego Komitetu Katolików Niemieckich (ZdK) i samej Drogi Synodalnej, jest profesorem egzegezy Nowego Testamentu na Uniwersytecie w Bochum.
Na ostatnim spotkaniu ZdK stało się jasne, jak działa ta "egzegeza": w związku z listem wysłanym 16 stycznia 2023 r. przez kardynała sekretarza stanu i kardynałów prefektów dykasterii ds. nauki wiary i biskupów, za wyraźną zgodą papieża Franciszka, stwierdzono: "Ani Droga Synodalna, ani organ przez nią powołany, ani konferencja biskupów nie ma kompetencji do ustanowienia Rady Synodalnej na szczeblu krajowym, diecezjalnym lub parafialnym".
Zamiast zastanowić się nad jego jasną treścią i wyciągnąć odpowiednie wnioski, interpretuje się rzekome powody, dla których papież lub kardynałowie Kurii mogli wydać taki zakaz. Thomas Söding, dosłownie: "W tym liście, moim zdaniem, sprzeciw wyrażony z Rzymu został sformułowany bardzo jasno, że nie powinno być ani Rady Synodalnej na poziomie federalnym, która jest, że tak powiem, wyższą władzą niż Konferencja Episkopatu, ani że biskup - używając moich własnych słów - powinien być rodzajem kierownika Rady Synodalnej. Komisja synodalna nie ma na celu relatywizowania i odbierania władzy biskupowi".
W eseju opublikowanym na oficjalnej stronie internetowej Niemieckiej Konferencji Biskupów "katholisch.de", Ulrich Körtner, profesor teologii systematycznej (teologii reformowanej) na Wydziale Teologii Protestanckiej i Jan-Heiner Tück, profesor dogmatyki i historii dogmatów na Wydziale Teologii Katolickiej, obaj na Uniwersytecie Wiedeńskim, omawiają obecną sytuację na wydziałach teologicznych.
Według autorów "od dawna istnieje pewna tendencja do 'pogłębiania' teologii w sensie interdyscyplinarnych badań religijnych, które coraz bardziej dystansują się od kościołów i wolą zajmować się 'żywą' lub 'niewidzialną' religią".
Zamiast krytykować hierarchię - "czasy, w których teologia akademicka była przede wszystkim krytyką papieża i Kościoła, prawdopodobnie również się skończyły, ponieważ niewielu ludzi, którzy są dziś zainteresowani teologią kościelną, coraz częściej udaje się na studia do kościelnych lub ewangelickich ośrodków szkoleniowych" - argumentują, że obecna teologia "okazuje się być mierną formą socjologii religii".
W procesie sekularyzacji, a także "indywidualizacji religii", autorzy stwierdzają dalej, powstaje powszechny pogląd o istnieniu "niewidzialnej religii", którą opisują jako "mit oparty na błędnym przekonaniu, że każda odpowiedź na pytania o znaczenie jest religijna".
Z jednej strony idea, że można żyć chrześcijaństwem poza Kościołem, okazała się "w dużej mierze iluzją", ponieważ "bez związku z Kościołem wierzenia i praktyki wyparowują".
Z drugiej strony, nawet w Kościele i teologii "istnieje niebezpieczeństwo, że wiara chrześcijańska wyparuje w chrześcijaństwo bez Chrystusa", ponieważ zamiast mówić o Bogu objawienia, często koncentruje się na kwestii migracji i ochrony klimatu.
W tym przypadku "Bóg jest przede wszystkim niejasnym 'szyfrem', który służy podnoszeniu morale, ale z którego można również zrezygnować, jeśli to konieczne, w zawieraniu sojuszy z innymi częściami społeczeństwa obywatelskiego".
Rozwiązaniem, według tych autorów, jest "teologia akademicka, która myśli od i ku Kościołowi, która jednak nie ogranicza się do wewnętrznych sfer kościelnych, ale szuka wymiany akademickiej z innymi dyscyplinami akademickimi. Zamiast jednak bezkrytycznie przyjmować teorie socjologii i filozofii oraz używać modnego słownictwa, aby nadać sobie bardziej interesującą powłokę, konieczne jest ponowne hermeneutyczne przyjęcie podstaw wiary i włączenie ich do dialogu".
Körtner i Tück konkludują: podczas gdy "należy zwrócić większą uwagę na temat Kościoła we wszystkich dyscyplinach teologicznych, nie należy tego mylić z klerykalizacją teologii akademickiej". Jest to raczej zgodne z ustaleniami socjologii religii, zgodnie z którymi religijność i przynależność kościelna są ze sobą znacznie ściślej powiązane niż wcześniej sądzono.
Dlatego "współczesną teologię należy rozumieć jako zachętę do publicznego angażowania się i świadczenia słowem i czynem o ewangelii Bożej miłości, która znalazła zwięzłą formę w osobie i historii Jezusa".