Caminando con Ignacio de Loyola, el peregrino de la vida interiorFrancisco nació en el castillo de Javier (Navarra) el 7 de abril de 1506. Hijo de Juan de Jaso y de María Azpilcueta. Era el pequeño de cinco hermanos. Su madre, mujer muy piadosa, supo transmitir este valor a su hijo y le inculcó una gran devoción a Cristo representado en una imagen que todavía se venera hoy en la capilla del castillo.
A los 18 años decide ir a estudiar a París donde cursó Latín, Letras humanas y Artes. Se alojó en el Colegio Mayor Santa Bárbara, donde compartió habitación con Pedro Fabro y más tarde con Ignacio de Loyola. Era un buen estudiante y en 1529 aprobó el examen de Bachiller en Artes con 23 años. Ese mismo año muere su madre. Al año siguiente consiguió la Licenciatura. En adelante se le podía llamar ya Maestro Francisco. Durante tres cursos fue profesor de Filosofía en el colegio de Beauvois y, mientras tanto, estudió Teología.
Gozaba de unas excelentes cualidades humanas: listo, gran deportista y un joven divertido; tanto por la posición de su familia como por su propia capacidad, estaba en excelentes condiciones para escalar puestos honoríficos. Poco a poco Ignacio de Loyola le fue conquistando y le introdujo en el círculo de sus amigos. Le repetía con frecuencia la frase del Evangelio: «Javier ¿de qué le sirve al hombre ganar todo el mundo, si al final pierde su alma?» Esto le llevó a una auténtica conversión que fue muy sonada en el ambiente en el que se movía.
Comienza entonces un nuevo modo de vida con otros jóvenes de París con sus mismas inquietudes, y el 15 de agosto de 1534, a los 28 años, hace sus votos en Montmatre con los primeros compañeros. En septiembre se retira a hacer unos Ejercicios Espirituales, termina sus estudios de Teología y se traslada con sus ocho compañeros a Venecia en 1537. Allí les esperaba Ignacio de Loyola con la intención de embarcarse para Tierra Santa. La guerra con Turquía impidió la salida de las naves y optaron entonces por trabajar con los enfermos en los hospitales de Venecia. Después marcharon en peregrinación a Roma donde se pusieron a disposición del Romano Pontífice. El Papa los recibió y les otorgó el permiso para ordenarse sacerdotes y peregrinar a Jerusalén. El 24 de junio de ese mismo año Javier fue ordenado sacerdote en Venecia.
Los dos años siguientes (1538-1540) fueron decisivos en la vida de ese grupo de jóvenes sacerdotes. Querían trabajar en la Iglesia y dedicarse a ayudar a la gente, y lo querían hacer como grupo al estilo de las órdenes religiosas, pero con más agilidad, para estar donde fuese más necesario en cada momento. El 27 de septiembre de 1540, el Papa Pablo III aprobó la naciente Compañía de Jesús, en la que Javier tuvo una parte muy importante. Ignacio de Loyola fue nombrado Padre General y Francisco el primer secretario y mano derecha de Ignacio.
El embajador de Portugal, Pedro de Mascareñas, pidió aquel año al Papa que enviara misioneros a Oriente. Fueron elegidos Simón Rodríguez y Nicolás Alonso de Bobadilla, pero antes de iniciar el viaje, Bobadilla enfermó gravemente y a última hora se determinó que fuera Javier. Así surgió su vocación misionera. El 7 de abril de 1541, el día en que Javier cumplía 35 años, partió la nave desde Lisboa rumbo a la India. El viaje fue largo y accidentado. A finales de agosto llegaron a Mozambique, donde permanecieron seis meses por causa del monzón. Javier se dedicó fundamentalmente a cuidar enfermos. El 6 de mayo de 1542 llegaron por fin a Goa, capital de la India portuguesa.
Comenzó allí trabajando en la costa de Pesquería con los paravas, pescadores de perlas, desarrollando una enorme y variada labor: hizo de mediador en la guerra con los badagas que se presentaba muy cruenta; realizó numerosos viajes: a Comorín, Travancor, Ceilán…, y a la costa Este de la India. De abril a agosto de 1545 permanece en Santo Tomé, donde está la tumba del apóstol santo Tomás, y decide viajar más al Oriente todavía, a Malaca y a las islas Molucas, en Indonesia, donde estará dos años (1545-1547) recorriendo varias islas: Amboino, Ternate, Moro… Vuelve a la base en Goa, y permanece allí año y medio, mientras prepara su viaje a Japón, donde estará tres años. Recorre varias ciudades: Kagoshima, Yamaguchi, Miyako, Kyoto… en medio de grandes dificultades de lengua, situación política, clima, etc. Regresa de nuevo a Goa, donde tiene unos meses de intenso trabajo: había sido nombrado Provincial de la India. Escribe muchas cartas y soluciona graves problemas, pues faltaban misioneros y eran muchas las conversiones. A pesar de las necesidades concretas de la India, piensa que es fundamental abrirse a China. Era como ir al corazón de Asia. El 21 de julio de 1552 llega a Singapur, y poco después arriba a la isla de Sancián, a 30 leguas de las costas de China y de la ciudad de Cantón. Allí encuentra numerosas dificultades y muchos de los que le seguían le abandonaron; Javier quedó enfermo y acompañado únicamente por su criado indio y el chino Antonio.
El día 3 de diciembre de 1552, Francisco de Javier moría en Sancián, a las puertas de China. Su único acompañante y testigo, Antonio, lo cuenta así: «El día 21 de noviembre se desvaneció cuando celebraba la misa. El día 1 de diciembre recobró el conocimiento y se le oía repetir: “Jesús, Hijo de David, ten misericordia de mí”. “Oh Virgen, Madre de Dios, acordaos de mí”. En la madrugada del 3 de diciembre, con el crucifijo entre sus manos y con el nombre de Jesús en su boca, entregó su alma y espíritu en las manos de su Creador». Tenía 46 años. Dos años después su cuerpo fue trasladado a Goa.
El 12 de marzo de 1622 fue canonizado por el Papa Gregorio XV. Ese mismo año la Diputación del Reino de Navarra le nombró su patrono; las Cortes ratificaron el juramento dos años después. En 1657, por decisión pontificia, san Fermín y san Francisco Javier fueron nombrados copatronos del Reino de Navarra. En 1927 el Papa Pío XI lo nombró, junto con santa Teresa del Niño Jesús, patrono de las misiones.
