Nacido en los albores del año 1000, en el seno de una familia modesta dedicada a la ganadería, de joven cuidó el rebaño paterno, aunque pronto prestó atención a los estudios para ordenarse sacerdote. Solicitó el ingreso en el Monasterio de San Millán de la Cogolla, que practicaba la Regla de San Benito. Tras unos años de vida monástica, fue nombrado prior del Monasterio de Santa María de Cañas, dependiente de San Millán. Domingo lo restauró y la iglesia fue consagrada.
Los monjes de San Millán advirtieron su trabajo y le pidieron que fuera su prior. En este encargo, el rey don García de Navarra le pidió los bienes de la iglesia, pero Domingo defendió el patrimonio de la casa y de la iglesia. Esta actitud produjo su destitución y confinamiento en tierras de Castilla, donde buscó el apoyo del rey Fernando, que le nombró abad de Silos.
Santo Domingo de Silos reformó este monasterio, que estaba en situación penosa, y formó una gran biblioteca que enriqueció la cultura, y renovó e impulsó la vida espiritual de los benedictinos y de la Iglesia, hasta su fallecimiento en 1073.