Caminhando com Inácio de Loyola, o peregrino da vida interiorFrancisco nasceu no castelo de Javier (Navarra) a 7 de Abril de 1506. Era o filho de Juan de Jaso e María Azpilcueta. Ele era o mais novo de cinco irmãos. A sua mãe, uma mulher muito piedosa, soube transmitir este valor ao seu filho e incutiu nele uma grande devoção a Cristo, representada numa imagem que ainda hoje é venerada na capela do castelo.
Aos 18 anos decidiu ir a Paris para estudar Latim, Humanidades e Artes. Ficou no Colegio Mayor Santa Bárbara, onde partilhou um quarto com Pedro Fabro e mais tarde com Inácio de Loyola. Era um bom aluno e em 1529 passou no exame de Bacharelato em Artes aos 23 anos de idade. Nesse mesmo ano, a sua mãe morreu. No ano seguinte, obteve a sua Licença. A partir daí, poderia ser chamado Mestre Francisco. Durante três anos ensinou filosofia no colégio de Beauvois e, entretanto, estudou teologia.
Ele tinha excelentes qualidades humanas: inteligente, um grande desportista e um jovem divertido; tanto pela posição da sua família como pela sua própria capacidade, ele estava numa excelente posição para subir a escada de honra. Pouco a pouco Inácio de Loyola conquistou-o e trouxe-o para o círculo dos seus amigos. Repetia-lhe muitas vezes o Evangelho dizendo: "Javier, de que serve a um homem ganhar o mundo inteiro e perder a sua própria alma no fim? Isto levou-o a uma autêntica conversão que era muito conhecida no meio em que se mudou.
Começou então um novo modo de vida com outros jovens de Paris com as mesmas preocupações, e a 15 de Agosto de 1534, aos 28 anos, fez os seus votos no Montmatre com os seus primeiros companheiros. Em Setembro, retirou-se para os Exercícios Espirituais, terminou os seus estudos teológicos e foi com os seus oito companheiros para Veneza em 1537. Inácio de Loyola esperava-os lá com a intenção de zarpar para a Terra Santa. A guerra com a Turquia impediu a partida dos navios, pelo que optaram por trabalhar com os doentes nos hospitais de Veneza. Foram então em peregrinação a Roma, onde se colocaram à disposição do Pontífice Romano. O Papa recebeu-os e concedeu-lhes autorização para serem ordenados sacerdotes e para irem em peregrinação a Jerusalém. A 24 de Junho do mesmo ano, Xavier foi ordenado sacerdote em Veneza.
Os dois anos seguintes (1538-1540) foram decisivos para a vida deste grupo de jovens sacerdotes. Queriam trabalhar na Igreja e dedicar-se a ajudar as pessoas, e queriam fazê-lo como um grupo no estilo das ordens religiosas, mas com mais agilidade, para estarem onde eram mais necessários em qualquer momento. A 27 de Setembro de 1540, o Papa Paulo III aprovou a Sociedade nascente de Jesus, na qual Xavier desempenhou um papel muito importante. Inácio de Loyola foi nomeado Padre Geral e Francisco foi nomeado o primeiro secretário e braço direito de Inácio.
O embaixador português, Pedro de Mascareñas, pediu nesse ano ao Papa que enviasse missionários para o Oriente. Simón Rodríguez e Nicolás Alonso de Bobadilla foram escolhidos, mas antes de iniciar a viagem, Bobadilla ficou gravemente doente e, no último minuto, foi decidido que Javier iria. Assim nasceu a sua vocação missionária. A 7 de Abril de 1541, 35º aniversário de Javier, o navio partiu de Lisboa para a Índia. A viagem foi longa e cheia de acontecimentos. No final de Agosto chegaram a Moçambique, onde permaneceram durante seis meses devido à monção. Xavier dedicou-se principalmente a cuidar dos doentes. A 6 de Maio de 1542 chegaram finalmente a Goa, a capital da Índia portuguesa.
Começou lá a trabalhar na costa de Pescheria com os paravas, pescadores de pérolas, realizando um enorme e variado trabalho: actuou como mediador na guerra com os Badagas, que foi muito sangrenta; fez numerosas viagens: a Comorin, Travancor, Ceilão..., e à costa oriental da Índia. De Abril a Agosto de 1545 ficou em São Tomé, onde se encontra o túmulo do Apóstolo São Tomé, e decidiu viajar ainda mais para leste, para Malaca e as Ilhas Molucas na Indonésia, onde passou dois anos (1545-1547) visitando várias ilhas: Amboino, Ternate, Moro... Regressou à sua base em Goa, e lá permaneceu durante um ano e meio, enquanto preparava a sua viagem para o Japão, onde permaneceu durante três anos. Viajou para várias cidades: Kagoshima, Yamaguchi, Miyako, Kyoto, etc., no meio de grandes dificuldades de língua, situação política, clima, etc. Ele regressa a Regressou a Goa, onde teve alguns meses de intenso trabalho: tinha sido nomeado Provincial da Índia. Escreveu muitas cartas e resolveu problemas graves, pois havia falta de missionários e muitas conversões. Apesar das necessidades concretas da Índia, ele achou que era essencial abrir-se à China. Era como ir para o coração da Ásia. A 21 de Julho de 1552 chegou a Singapura, e pouco depois chegou à ilha de Sancian, a 30 léguas da costa da China e da cidade de Cantão. Ali encontrou muitas dificuldades e muitos dos que o seguiram abandonaram-no; Xavier ficou doente e foi acompanhado apenas pelo seu criado indiano e pelo chinês Antonio.
A 3 de Dezembro de 1552, Francis Xavier morreu em Sancian, na periferia da China. O seu único companheiro e testemunha, António, conta-o da seguinte forma: "A 21 de Novembro desmaiou enquanto celebrava a missa. No dia 1 de Dezembro recuperou a consciência e pôde ser ouvido a repetir: "Jesus, Filho de David, tem piedade de mim". "Ó Virgem, Mãe de Deus, lembrai-vos de mim.". No início da manhã de 3 de Dezembro, com o crucifixo nas mãos e o nome de Jesus na boca, entregou a sua alma e espírito nas mãos do seu Criador". Tinha 46 anos de idade. Dois anos mais tarde, o seu corpo foi transferido para Goa.
A 12 de Março de 1622 foi canonizado pelo Papa Gregório XV. Nesse mesmo ano, a Diputación do Reino de Navarra nomeou-o seu padroeiro; as Cortes ratificaram o juramento dois anos mais tarde. Em 1657, por decisão pontifícia, São Fermín e São Francisco Xavier foram nomeados co-patrões do Reino de Navarra. Em 1927 o Papa Pio XI nomeou-o, juntamente com Santa Teresa do Menino Jesus, santa padroeira das missões.
