Nascido no alvorecer do ano 1000, no seio de uma família modesta dedicada à criação de gado, desde jovem que se dedicou ao cuidado do rebanho do seu pai, mas depressa se dedicou aos estudos para se ordenar sacerdote. Candidatou-se ao Mosteiro de San Millán de la Cogolla, que praticava a Regra de São Bento. Após alguns anos de vida monástica, foi nomeado prior do Mosteiro de Santa Maria de Cañas, que dependia de San Millán. Domingo restaurou-o e a igreja foi consagrada.
Os monges de San Millán repararam no seu trabalho e pediram-lhe para ser seu prior. Nesta comissão, o rei Dom García de Navarra pediu-lhe os bens da igreja, mas Domingo defendida o património da casa e da igreja. Esta atitude levou-o a ser demitido e a ser confinado em Castela, onde procurou o apoio do rei D. Fernando, que o nomeou abade de Silos.
Santo Domingo de Silos reformou este mosteiroEm dificuldades, construiu uma grande biblioteca que enriqueceu a cultura, renovou e promoveu a vida espiritual dos beneditinos e da Igreja, até à sua morte em 1073.