Wędrówka z Ignacym z Loyoli, pielgrzymem życia wewnętrznegoFranciszek urodził się w zamku Javier (Navarra) 7 kwietnia 1506 r. Był synem Juana de Jaso i Maríi Azpilcuety. Był najmłodszym z pięciorga rodzeństwa. Jego matka, kobieta bardzo pobożna, umiała przekazać tę wartość synowi i zaszczepiła w nim wielkie nabożeństwo do Chrystusa, reprezentowane w obrazie, który do dziś jest czczony w kaplicy zamkowej.
W wieku 18 lat postanowił wyjechać do Paryża, aby studiować łacinę, nauki humanistyczne i sztuki. Zatrzymał się w Colegio Mayor Santa Bárbara, gdzie dzielił pokój z Pedro Fabro, a później z Ignacy z Loyoli. Był dobrym studentem i w 1529 roku w wieku 23 lat zdał egzamin licencjacki. W tym samym roku zmarła jego matka. W następnym roku uzyskał licencjat. Od tej pory można go było nazywać Mistrzem Franciszkiem. Przez trzy lata uczył filozofii w kolegium w Beauvois, a w międzyczasie studiował teologię.
Posiadał doskonałe cechy ludzkie: bystry, świetny sportowiec i lubiący zabawę młodzieniec; zarówno ze względu na pozycję rodziny, jak i własne zdolności, był w doskonałej sytuacji, by piąć się po drabinie zaszczytów. Ignacy z Loyoli stopniowo zdobywał go i wprowadzał do grona swoich przyjaciół. Często powtarzał mu słowa Ewangelii: "Javier, co za korzyść odniesie człowiek, jeśli zdobędzie cały świat, a utraci własną duszę? To doprowadziło go do autentycznego nawrócenia, które było bardzo dobrze znane w środowisku, w którym się poruszał.
Następnie rozpoczął nową drogę życia wraz z innymi młodymi mężczyznami z Paryża, mającymi te same obawy, i 15 sierpnia 1534 r., w wieku 28 lat, złożył śluby w Montmatre wraz z pierwszymi towarzyszami. We wrześniu wycofał się na Ćwiczenia Duchowne, ukończył studia teologiczne i wraz z ośmioma towarzyszami udał się w 1537 r. do Wenecji. Czekał tam na nich Ignacy z Loyoli z zamiarem wyruszenia do Ziemi Świętej. Wojna z Turcją uniemożliwiła wypłynięcie statków, więc zdecydowali się na pracę z chorymi w szpitalach Wenecji. Następnie udali się z pielgrzymką do Rzymu, gdzie oddali się do dyspozycji papieża rzymskiego. Papież przyjął ich i udzielił im pozwolenia na przyjęcie święceń kapłańskich oraz na pielgrzymowanie do Jerozolimy. 24 czerwca tego samego roku Ksawery otrzymał w Wenecji święcenia kapłańskie.
Następne dwa lata (1538-1540) były decydujące w życiu tej grupy młodych księży. Chcieli pracować w Kościele i poświęcić się pomocy ludziom, i chcieli to robić jako grupa w stylu zakonów, ale z większą sprawnością, aby być tam, gdzie w danym momencie byli najbardziej potrzebni. 27 września 1540 roku papież Paweł III zatwierdził rodzące się Towarzystwo Jezusowe, w którym Ksawery odgrywał bardzo ważną rolę. Ignacy z Loyoli został mianowany ojcem generalnym, a Franciszek pierwszym sekretarzem i prawą ręką Ignacego.
Portugalski ambasador, Pedro de Mascareñas, poprosił w tym samym roku papieża o wysłanie misjonarzy na Wschód. Wybrano Simóna Rodrígueza i Nicolása Alonso de Bobadillę, ale przed rozpoczęciem podróży Bobadilla poważnie zachorował i w ostatniej chwili zdecydowano, że pojedzie Javier. Tak narodziło się jego powołanie misyjne. 7 kwietnia 1541 r., w 35 urodziny Javiera, statek opuścił Lizbonę i udał się do Indii. Rejs był długi i pełen wrażeń. Pod koniec sierpnia dotarli do Mozambiku, gdzie z powodu monsunu pozostali przez pół roku. Ksawery poświęcił się głównie opiece nad chorymi. 6 maja 1542 roku dotarli wreszcie do Goa, stolicy portugalskich Indii.
Zaczął tam pracować na wybrzeżu Pescherii z parawasami, poławiaczami pereł, wykonując ogromną i różnorodną pracę: pełnił rolę mediatora w wojnie z Badagami, która była bardzo krwawa; odbywał liczne podróże: na Komoryn, do Travancor, na Cejlon..., a także na wschodnie wybrzeże Indii. Od kwietnia do sierpnia 1545 r. przebywał na Wyspach Świętego Tomasza, gdzie znajduje się grób apostoła św. Tomasza, po czym postanowił udać się jeszcze dalej na wschód, na Malakkę i Wyspy Moluki w Indonezji, gdzie spędził dwa lata (1545-1547) odwiedzając kilka wysp: Amboino, Ternate, Moro... Powrócił do swojej bazy w Goa i przebywał tam przez półtora roku, przygotowując jednocześnie wyprawę do Japonii, gdzie pozostał przez trzy lata. Wśród wielkich trudności językowych, politycznych, klimatycznych itp. podróżował do kilku miast: Kagoshima, Yamaguchi, Miyako, Kioto itp. On wraca do Powrócił do Goa, gdzie miał kilka miesięcy intensywnej pracy: został mianowany prowincjałem Indii. Pisał wiele listów i rozwiązywał poważne problemy, bo brakowało misjonarzy, a nawróceń było wiele. Mimo konkretnych potrzeb Indii, uważał, że konieczne jest otwarcie się na Chiny. To było jak wyjazd do serca Azji. 21 lipca 1552 roku dotarł do Singapuru, a wkrótce potem do wyspy Sancian, oddalonej o 30 lig od wybrzeży Chin i miasta Kanton. Tam napotkał wiele trudności i wielu z tych, którzy za nim podążali, porzuciło go; Ksawery pozostał chory i towarzyszył mu tylko jego indyjski sługa i chiński Antonio.
3 grudnia 1552 roku Franciszek Ksawery zmarł w Sancian, na obrzeżach Chin. Jego jedyny towarzysz i świadek, Antoni, tak to relacjonuje: "21 listopada zasłabł podczas odprawiania mszy. 1 grudnia odzyskał przytomność i słychać było, jak powtarzał: "Jezusie, Synu Dawida, zmiłuj się nade mną". "O Dziewico, Matko Boża, pamiętaj o mnie.". Wczesnym rankiem 3 grudnia, z krucyfiksem w rękach i imieniem Jezus w ustach, oddał duszę i ducha w ręce swego Stwórcy". Miał 46 lat. Dwa lata później jego ciało zostało przeniesione do Goa.
12 marca 1622 roku został kanonizowany przez papieża Grzegorza XV. W tym samym roku Diputación Królestwa Nawarry obwołała go swoim patronem; Kortezy ratyfikowały przysięgę dwa lata później. W 1657 roku decyzją pontyfikalną święty Fermín i święty Franciszek Ksawery zostali mianowani współpatronami Królestwa Nawarry. W 1927 roku papież Pius XI mianował go, wraz ze świętą Teresą od Dzieciątka Jezus, patronem misji.
