Pierwsza wzmianka o Górze Krzyży pojawia się w pismach z połowy XIX wieku. W 1850 r. skarbnik szawelski Maurikis Hriškevicius pisał: "Ludzie nadal przypisują kopcowi Jurgaiciai świętość. Według miejscowych badań, zdarzyło się - że jeden z mieszkańców Jurgaiciai obiecał Bogu, gdy był ciężko chory, że jeśli przeżyje swoją chorobę, postawi na wzgórzu krzyż. Tak się złożyło, że został uzdrowiony podczas budowy tamtejszego krzyża. Gdy tylko wieść o tym rozeszła się wśród ludzi, w ciągu kilku lat przywieziono z odległych wsi tyle krzyży i postawiono tam inne, że teraz widzimy ich obfitość."
Opowieści o Górze Krzyży
Późniejsze przekazy mówią, że krzyże zostały postawione nad grobami uczestników powstań 1831 i 1863 r. dawnej Rzeczypospolitej Obojga Narodów przeciwko Imperium Rosyjskiemu, zwanych odpowiednio "powstaniem listopadowym" i "powstaniem styczniowym".
Zmarłych chowano na kopcu. Ta wersja stawiania krzyży była szczególnie rozpowszechniona w dekadach okupacji sowieckiej, w dążeniu do umniejszenia religijnego znaczenia Góry Krzyży i przekształcenia jej w pomnik oporu ludu wobec wyzyskiwaczy.
Z pierwszych świadectw wynika jednak, że pierwsze krzyże na wzgórzu pojawiły się jako znaki szczerej pobożności ludowej i wdzięczności wobec Boga, do których dołączyły dodatkowe motywy: chęć uczczenia pochowanych tu powstańców, a jednocześnie sprzeciw wobec władz carskich, które zabraniały i utrudniały stawianie krzyży.
Pod carskim imperium
Pod koniec XVIII wieku Litwa została włączona do Imperium Rosyjskiego. W tym czasie na Litwie rozpowszechnił się już zwyczaj stawiania drewnianych krzyży przy drogach w pobliżu domów.
Zresztą wykonywanie drewnianych krzyży i krucyfiksów na Litwie od 2008 roku jest częścią niematerialnego dziedzictwa kulturowego ludzkości.
Wraz z wcieleniem do Imperium Rosyjskiego krążowniki te stały się również symbolem narodowej i religijnej tożsamości Litwy.
W 1845 roku rząd rosyjski zakazał stawiania krzyży, z wyjątkiem kościołów i cmentarzy.
Ludzie oparli się temu dekretowi, zignorowali go i kontynuowali budowę swoich krzyży, nawet udało im się przekonać lokalnych urzędników, aby stanęli po ich stronie.
Jednak po powstaniu 1863 roku zakaz został odnowiony i dopuszczono jedynie krzyże na grobach.
W 1878 roku car Aleksander II zniósł zakaz, ale urzędnik ośrodka, który wysłał list, nakazał, by nie podawać go do publicznej wiadomości. W ten sposób Góra Krzyży, która zrodziła się jako znak szczerej wiary, stała się znakiem siły i wytrwałości wiary, pomimo cierpień i prób.
Pod koniec XIX wieku Góra Krzyży była już dość znana, głównie w środowisku lokalnym.
Świadczy o tym jej wygląd na niektórych mapach lub np. artykuł, który w 1888 roku litewsko-amerykańska gazeta Lietuviškas tratwy napisał o Wzgórzu, zatytułowanym Na małych wzgórzach Litwy.
Spontaniczną pobożność wiernych wspierali i zachęcali do niej księża z okolicy, a także z bardziej odległych parafii. Do 1888 roku na wzgórzu wybudowano 14-stanowiskową drogę krzyżową, a do 1914 roku było tam 200 krzyży i mała kaplica.
Litwa ogłosiła niepodległość w 1918 roku. W okresie niepodległości na wzgórzu nadal stawiano krzyże. Ludzie mogli gromadzić się na modlitwach, nabożeństwach, pielgrzymkach nie niepokojeni przez nikogo.
W tych latach pojawiają się relacje o pielgrzymkach liczących nawet 10 tys. osób. Liczba krzyży na wzgórzu wciąż rosła i do 1923 roku było ich około 400.
Era sowiecka
Okupacja sowiecka po II wojnie światowej zapoczątkowała trudny okres w życiu Litwy. W czasach sowieckich Góra Krzyży stała się znanym symbolem walki o wolność religijną, także za granicą.
Im bardziej okupant próbował zniszczyć wzgórze, wręcz je zmiażdżyć, tym bardziej rozkwitało. Im bardziej starano się tłumić stawianie krzyży, tym więcej ich stawiano.
W trudnych dekadach okupacji szczególnie widoczne było znaczenie krzyża jako źródła siły i nadziei. Górę Krzyży nazwano "litewską Golgotą".
Niewiele wiadomo o Górze Krzyży w czasach stalinowskich, kiedy represje i prześladowania były szczególnie brutalne. Podobno wiele krzyży zostało postawionych o zmroku przez krewnych poległych partyzantów (bojowników o niepodległość Litwy).
Po śmierci Stalina prześladowania wierzących zmniejszyły się, a władze przyjęły łagodniejsze podejście do stawiania krzyży. Tylko w latach 1956-1959 posadzono tam około 1000 krzyży.
W 1959 roku ponownie rozpoczęły się prześladowania chrześcijan na Litwie, polegające na tłumieniu wszelkich przejawów życia religijnego, zamykaniu kościołów i niszczeniu miejsc świętych.
Komitet Centralny Komunistycznej Partii Litwy wydał uchwałę "O środkach powstrzymania masowych wizyt w miejscach świętych". Na podstawie tej uchwały rozpoczęto szereg działań mających na celu zniszczenie krzyży postawionych na wzgórzu.
W 1961 roku Komisja Śledcza ustaliła, że wzgórze i przylegające do niego źródło stanowiły poważne ryzyko rozprzestrzeniania się chorób zakaźnych i że zdaniem Komisji "sytuacja nie może być dłużej tolerowana".
5 kwietnia 1961 r. przy pomocy spychaczy i buldożerów z pobliskiego kołchozu (kolektywnego gospodarstwa rolnego) krzyże zostały zrównane ze wzgórzem przez ekipy więźniów i żołnierzy na rozkaz władz komunistycznych.
Drewniane krzyże ścinano i palono w ogniskach; te z betonu i kamienia rozbijano lub zakopywano w wodzie; a żelazne zabierano jako złom. Wszystkie krzyże na wzgórzu - 2 179 krzyży wykonanych z różnych materiałów - zostały zniszczone w ciągu jednego dnia. Choć wzgórze zostało całkowicie zdewastowane, ludzie nie bali się ponownie stawiać krzyży.
Krzyże wróciły na wzgórze, wymykając się czujności sił KGB. Postawiono tak wiele krzyży, że w latach 1973-1985 władze radzieckie musiały czterokrotnie zrównać wzgórze z ziemią. Planowano nawet zalać wzgórze, aby położyć kres problemowi.
Góra Krzyży ponownie zyskała na popularności na Litwie w latach 80. i 90.
Wiele świadectw wiary związanych z tym miejscem zostało opisanych w Kronice Kościoła Katolickiego na Litwie, przez którą dotarły na Zachód, dzięki czemu walka o przetrwanie Góry Krzyży stała się szeroko znana zarówno za granicą, jak i na całej Litwie.
Święty Jan Paweł II na Górze Krzyży
Tuż po odzyskaniu niepodległości w 1990 roku miało miejsce najważniejsze wydarzenie w historii Góry Krzyży: wizyta papieża Jana Pawła II 7 września 1993 roku.
Ojciec Święty wraz z biskupami Litwy odprawił Mszę św. w wzniesionej na tę okazję kaplicy w obecności licznie zgromadzonego tłumu (ok. 100 tys.).
W homilii papież św. Jan Paweł II wspominał Litwinów, którzy trafili do więzień lub obozów koncentracyjnych, zostali wywiezieni na Syberię lub skazani na śmierć. Przed i po Mszy św. wchodził na wzgórze, by modlić się w imponującym lesie krzyży.
Ojca Świętego szczególnie poruszył fakt postawienia krzyża po zamachu w 1981 roku, modląc się o jego zdrowie. "Jak ten krzyż pozostaje tutaj, tak modlitwa Papieża pozostaje u was. Wasza modlitwa za papieża, który dziś doświadczył wielkiej łaski odwiedzając to święte miejsce, pozostaje z nim" - powiedział.
Dziś duży krucyfiks, przysłany przez samego Jana Pawła II, stoi w centrum Góry Krzyży i jest punktem wyjścia i zakończenia wielu pielgrzymek.
Po powrocie z krajów bałtyckich, podczas wizyty w klasztorze franciszkańskim w La Verna, Jan Paweł II zachęcał franciszkanów do budowy pustelni na Górze Krzyży. Klasztor, który znajduje się zaledwie 300 metrów od wzgórza, został poświęcony 8 lipca 2000 roku.
W 1997 r. utworzono diecezję szawelską, a 20 lipca tego samego roku decyzją biskupa reaktywowano pielgrzymkę na Górę Krzyży, która odbywa się w ostatnią niedzielę lipca. Od tego czasu co roku wielu ludzi z całej Litwy, a także z innych krajów, gromadzi się na uroczystości związane z pielgrzymką, w której zazwyczaj uczestniczy nuncjusz apostolski i wszyscy biskupi litewscy.
Od tego czasu co roku wiele osób stawia swoje krzyże jako osoby indywidualne lub grupy dla upamiętnienia różnych wydarzeń.
Na wzgórzu ustawione są zarówno małe, proste drewniane krzyże, jak i duże krzyże artystyczne. W 2007 roku na Wzgórzu naliczono ponad 200 tysięcy krzyży. Miejsce, które stało się punktem zainteresowania dewocjonaliami i turystyką dla odwiedzających Litwę.
