Francesco nacque nel castello di Javier (Navarra) il 7 aprile 1506. Era figlio di Juan de Jaso e María Azpilcueta. Era il più giovane di cinque fratelli. La madre, donna molto pia, seppe trasmettere questo valore al figlio e gli infuse una grande devozione a Cristo, rappresentata in un'immagine che ancora oggi si venera nella cappella del castello.
All'età di 18 anni decide di andare a Parigi per studiare latino, scienze umane e arti. Alloggiò al Colegio Mayor Santa Bárbara, dove condivise la stanza con Pedro Fabro e successivamente con Ignazio di Loyola. Era un buon studente e nel 1529 superò l'esame di laurea in lettere all'età di 23 anni. Nello stesso anno morì la madre. L'anno successivo ha ottenuto la licenza. Da quel momento in poi potrà essere chiamato Maestro Francisco. Per tre anni insegna filosofia al collegio di Beauvois e, nel frattempo, studia teologia.
Aveva ottime qualità umane: intelligente, un grande sportivo e un giovane amante del divertimento; sia per la posizione della sua famiglia che per le sue capacità, era in un'ottima posizione per scalare la scala dell'onore. A poco a poco Ignazio di Loyola lo conquistò e lo fece entrare nella cerchia dei suoi amici. Gli ripeteva spesso il detto evangelico: "Saverio, che giova all'uomo se guadagna il mondo intero e alla fine perde la propria anima? Questo lo portò a un'autentica conversione, molto conosciuta nell'ambiente in cui si muoveva.
Iniziò quindi un nuovo stile di vita con altri giovani parigini con le stesse preoccupazioni e il 15 agosto 1534, all'età di 28 anni, prese i voti a Montmatre con i suoi primi compagni. A settembre si ritira per gli Esercizi Spirituali, termina gli studi di teologia e si reca con i suoi otto compagni a Venezia nel 1537. Ignazio di Loyola li attendeva lì con l'intenzione di salpare per la Terra Santa. La guerra con la Turchia impedì alle navi di partire, così si optò per lavorare con i malati negli ospedali di Venezia. Si recarono quindi in pellegrinaggio a Roma, dove si misero a disposizione del Romano Pontefice. Il Papa li ricevette e concesse loro il permesso di essere ordinati sacerdoti e di andare in pellegrinaggio a Gerusalemme. Il 24 giugno dello stesso anno, Saverio fu ordinato sacerdote a Venezia.
I due anni successivi (1538-1540) furono decisivi nella vita di questo gruppo di giovani sacerdoti. Volevano lavorare nella Chiesa e dedicarsi ad aiutare le persone, e volevano farlo come gruppo nello stile degli ordini religiosi, ma con maggiore agilità, per essere dove c'era più bisogno in ogni momento. Il 27 settembre 1540, Papa Paolo III approvò la nascente Compagnia di Gesù, nella quale Saverio ebbe un ruolo molto importante. Ignazio di Loyola fu nominato Padre Generale e Francesco fu nominato primo segretario e braccio destro di Ignazio.
Quell'anno l'ambasciatore portoghese Pedro de Mascareñas chiese al Papa di inviare missionari in Oriente. Furono scelti Simón Rodríguez e Nicolás Alonso de Bobadilla, ma prima di iniziare il viaggio Bobadilla si ammalò gravemente e all'ultimo momento si decise che sarebbe andato Javier. Nasce così la sua vocazione missionaria. Il 7 aprile 1541, giorno del 35° compleanno di Javier, la nave lasciò Lisbona per l'India. Il viaggio fu lungo e movimentato. Alla fine di agosto raggiunsero il Mozambico, dove rimasero per sei mesi a causa del monsone. Saverio si dedicò principalmente alla cura dei malati. Il 6 maggio 1542 raggiunsero finalmente Goa, la capitale dell'India portoghese.
Iniziò a lavorare sulla costa della Pescheria con i paravas, i pescatori di perle, svolgendo un lavoro enorme e variegato: fece da mediatore nella guerra con i Badagas, che fu molto sanguinosa; fece numerosi viaggi: a Comorin, Travancor, Ceylon..., e sulla costa orientale dell'India. Dall'aprile all'agosto del 1545 soggiornò a São Tomé, dove si trova la tomba dell'apostolo San Tommaso, e decise di viaggiare ancora più a est, verso Malacca e le isole Molucche in Indonesia, dove trascorse due anni (1545-1547) visitando diverse isole: Amboino, Ternate, Moro... Tornò alla sua base di Goa e vi rimase per un anno e mezzo, mentre preparava il suo viaggio verso il Giappone, dove rimase per tre anni. Ha viaggiato in diverse città: Kagoshima, Yamaguchi, Miyako, Kyoto, ecc., tra grandi difficoltà di lingua, situazione politica, clima, ecc. Ritorna a Tornò a Goa, dove ebbe alcuni mesi di intenso lavoro: era stato nominato Provinciale dell'India. Scrisse molte lettere e risolse gravi problemi, poiché mancavano missionari e molte conversioni. Nonostante le esigenze concrete dell'India, riteneva essenziale l'apertura alla Cina. È stato come andare nel cuore dell'Asia. Il 21 luglio 1552 arrivò a Singapore e poco dopo raggiunse l'isola di Sancian, a 30 leghe dalla costa cinese e dalla città di Canton. Lì incontrò molte difficoltà e molti di coloro che lo seguivano lo abbandonarono; Saverio rimase malato e accompagnato solo dal suo servitore indiano e dal cinese Antonio.
Il 3 dicembre 1552, Francesco Saverio morì a Sancian, alla periferia della Cina. Il suo unico compagno e testimone, Antonio, racconta così: "Il 21 novembre è svenuto mentre celebrava la messa. Il 1° dicembre riprende conoscenza e si sente ripetere: "Gesù, Figlio di Davide, abbi pietà di me". "O Vergine, Madre di Dio, ricordati di me.". La mattina presto del 3 dicembre, con il crocifisso in mano e il nome di Gesù in bocca, ha consegnato l'anima e lo spirito nelle mani del suo Creatore". Aveva 46 anni. Due anni dopo il suo corpo fu trasferito a Goa.
Il 12 marzo 1622 fu canonizzato da Papa Gregorio XV. Nello stesso anno la Diputación del Regno di Navarra lo nominò suo patrono; le Cortes ratificarono il giuramento due anni dopo. Nel 1657, per decisione pontificia, San Fermín e San Francesco Saverio furono nominati compatroni del Regno di Navarra. Nel 1927 Papa Pio XI lo nominò, insieme a Santa Teresa di Gesù Bambino, patrono delle missioni.