Le CCEE, qui est né sous le regard de la Mère du Christ et de l'Église, est né des inspirations du Concile Vatican II sur le sens de la collégialité épiscopale, "cum et sub Petro", et aussi dans le but de renforcer les efforts d'évangélisation face aux grands défis que le changement culturel de 1968 avait déclenchés.
Favoriser la rencontre des Conférences épiscopales, la connaissance mutuelle, l'échange d'expériences, une nouvelle annonce du Christ, la pastorale et son avenir, sont apparus comme des moments nécessaires face à la pression de nouvelles façons de penser et d'agir. Dans ce contexte, le CCEE a été un signe de l'attention portée par l'Église à un monde en mutation. Regarder vers le haut à travers le continent, à l'ouest et à l'est, était aussi une prophétie de ce qui allait se passer en 1989 avec la réunification de l'Europe : une unification non pas extérieure, mais inhérente à sa culture et à sa spiritualité.
La composition du Conseil a été élargie au fil des ans pour inclure les présidents des 33 Conférences. Des évêques n'appartenant pas à une Conférence spécifique ont également été fusionnés : les archevêques du Grand-Duché de Luxembourg, de la Principauté de Monaco, de la Chypre maronite et les évêques de Chişinău en République de Moldavie, de l'Administration apostolique d'Estonie et de l'Eparchie de Mukachevo.
Parmi ses événements les plus importants figurent dix symposiums, trois assemblées œcuméniques, cinq forums catholiques-orthodoxes, cinquante assemblées plénières (depuis 1995 avec les présidents des conférences épiscopales), des réunions avec les secrétaires généraux, les attachés de presse et les porte-parole, des réunions de commissions sur les questions émergentes. Ainsi que des documents et des communiqués, qui expriment également la proximité cordiale et attentive de l'Église avec le cher continent européen.
Les défis actuels sont centrés sur le dialogue entre toutes les religions comme base de la construction d'un monde fraternel, ainsi que sur un engagement urgent en tant que gardiens de la Création, comme ils le soulignent dans la note rendue publique à l'occasion de cet anniversaire. "Proclamer la personne du Christ signifie ouvrir le cœur de l'humanité et son intelligence à l'ensemble de la réalité, ainsi que redécouvrir le vrai visage de chaque personne, en reconnaissant sa dignité et ses droits. C'est proclamer son avenir et donner ainsi un sens au présent", indiquent-ils dans cette note où ils demandent aux fidèles "des communautés chrétiennes de prier une intention spéciale à la messe dominicale" pour cette avancée du dialogue et de l'évangélisation européenne.