Les saints Paul Miki (1564-1597), Jean de Goto et Diego Kisai sont les suivants les premiers Jésuites qui ont donné leur vie pour imiter le Seigneur crucifié au Japon. Issu d'une famille aisée des environs d'Osaka, Miki est devenu chrétien lors de la conversion de sa famille. À l'âge de 20 ans, il s'inscrit au séminaire d'Azuchi, pris en charge par les Jésuites, et deux ans plus tard, il entre dans la Compagnie. Il parle très bien et réussit à attirer les bouddhistes vers la foi chrétienne. Il n'est plus qu'à deux mois de l'ordination lorsqu'il est arrêté.
Saint Francis Xavier avait semé Le christianisme au Japon à partir de 1549. Il convertit et baptise lui-même un grand nombre de païens. Puis des provinces entières ont reçu la foi. On dit qu'en 1587, il y avait plus de 200 000 chrétiens au Japon. Cette croissance suscite la réticence de certaines autorités, qui craignent que le christianisme ne soit le premier pas de l'Espagne vers l'invasion du pays.
Les missionnaires furent expulsés du Japon et les persécutions s'intensifièrent, jusqu'à la crucifixion près de Nagasaki des Jésuites, des Franciscains et des Tertiaires (26) en 1597. Les saints franciscains étaient Pedro Bautista, Martín De Aguirre, Francisco Blanco, Francisco de San Miguel, Espagnols, Felipe de Jesús, né au Mexique, pas encore ordonné, et Gonzalo García. Les 17 autres martyrs étaient japonais, plusieurs catéchistes et interprètes. Depuis la croix, Pablo Miki gracié ses bourreaux et a prononcé un sermon les invitant à suivre le Christ. avec joie.
